La Bastille est, à multiples reprises, le théâtre de soulèvements dès le début du XVème siècle ; ainsi, les Bourguignons s’en emparent en 1418 ; les ligueurs, dirigés par le duc Henri de Guise, en font autant en 1588 ; elle est également aux mains des révoltés pendant trois ans durant la Fronde.

À partir du règne de Henri IV, la citadelle, d’abord gouvernée par Sully, devient de surcroît un entrepôt des richesses royales. Puis, au XVIIème siècle, alors que la muraille de Charles V est tombée en désuétude, Richelieu fait de la Bastille un entrepôt d’armes et une prison royale, où sont enfermés de nombreux prisonniers politiques.

Par simple lettre de cachet, le roi peut, à sa discrétion, y envoyer quiconque, sans chef d’accusation, sans procès et sans limite de durée. Cependant, les conditions d’incarcération n’ont rien à voir avec celles auxquelles sont, à l’époque, soumis les détenus : les quelques dizaines de prisonniers sont autorisés à faire entrer meubles et serviteurs. Les évasions restent très exceptionnelles, celle de Latude étant la plus célèbre. Parmi les sujets détenus à la Bastille, figurent notamment Jacques d’Armagnac, Bernard Palissy, Nicolas Fouquet, le Masque de fer, Voltaire, le comte Thomas de Lally-Tollendal et le marquis de Sade.

Au XVIIIème siècle, la Bastille devient le symbole de l’arbitraire de l’absolutisme royal aux yeux d’une partie de la population. C’est pourquoi le peuple parisien porte son attention sur la prison lors des journées insurrectionnelles de juillet 1789. Après la prise de la Bastille, l’édifice est démoli par le peuple parisien insurgé.